Le 30 juin, Samuel Umtiti quitte l’OL pour le FC Barcelone pour 25 millions d’euros, mais, le défenseur qui participe à l’Euro avec l’Équipe de France sera transféré officiellement au club catalan à partir du 12 juillet. Alexandre Lacazette & Nabil Fekir sont forfaits pour les matchs de l’Équipe de France face à l’Italie et la Biélorussie, Lacazette est remplacé par l’attaquant de l’Atletico Madrid, Kevin Gameiro, Fekir est remplacé par l’attaquant du Borussia Dortmund, Ousmane Dembélé. Après une première saison sans sponsor apparent, les lyonnaises arborent un maillot sponsorisé par Renault Trucks jusqu’en juin 2009. Les trois saisons suivantes, les féminines sont spécifiquement sponsorisées par Leroy Merlin ainsi que par Citroën en 2011-2012 pour les matchs de coupe. Le 9 janvier, Aldo Kalulu est prêté par l’OL au Stade rennais jusqu’à la fin de la saison. Le 18 janvier, le prêt de l’OL de Gaëtan Perrin à Orléans a été annulé par la DNCG car, le club orléanais est interdit de recrutement à la suite du départ de leur milieu de terrain Jean-Eudes Aholou à Strasbourg et de plusieurs autres départs. Or les deux saisons entre 2005 et 2007 sont les plus suivies par le public lyonnais car les moyennes sont inférieures à 38 000 spectateurs les autres années.
L’Olympique lyonnais obtient le titre de championnat de France de deuxième division et la montée en première division dès la première année de fonction de Raymond Domenech. Bien que vainqueur 3 à 1 à l’aller en France (malgré l’ouverture du score russe), l’OL encaisse un but dans le dernier quart d’heure du match retour qui met sa qualification en balance en cas de deuxième but. Cette victoire élimine l’OL en huitièmes de finale pour la deuxième fois d’affilée bien que le club ait été élu meilleure équipe du monde cette année-là. Corentin Tolisso & Maxwell Cornet ont été appelés par Pierre Mankowski en Équipe de France espoirs pour les deux matchs des éliminatoires de l’Euro 2017 face à l’Ukraine le 2 septembre à Kiev et face à l’Islande le 6 septembre à Caen au Stade Michel-d’Ornano. Houssem Aouar & Timothé Cognat ont été appelés en Équipe de France des moins de 19 ans pour un tournoi amical en Serbie le 2 septembre face aux États-Unis et le 3 septembre face à la Serbie. Anthony Lopes est sélectionné avec le Portugal pour les matchs face au Gibraltar le 1er septembre à Porto et face à la Suisse le 6 septembre à Bâle pour les qualifications de la Coupe du monde 2018. Maciej Rybus forfait pour l’Euro 2016 retrouve la Pologne pour le match face au Kazakhstan le 4 septembre à Astana.
Rachid Ghezzal est appelé par Milovan Rajevac avec l’Algérie pour le dernier match des éliminatoires de la Coupe d’Afrique des nations 2017 face au Équipe du Lesotho de football le 4 septembre à Blida. En manque d’automatismes, l’OL est mené à la 50e par un but de Uhre. Il portera le numéro 4, Mammana est le 8e argentin de l’histoire du club rhodanien après Lisandro López et Fabián Monzón. Le 7 juillet, arrivé depuis plusieurs semaines à Lyon, l’OL officialise l’arrivée d’Emanuel Mammana en provenance de River Plate, l’international argentin signe avec l’OL, un contrat de 5 ans pour un montant de 7,5 millions d’euros. Le 6 septembre, Arnold Mvuemba est en fin de contrat avec l’OL fait son retour à Lorient. Le 23 juin, Henri Bedimo déjà en fin de contrat avec l’OL rejoint librement l’Olympique de Marseille. Le 20 juin, le meilleur buteur de la CFA qui a signé son premier contrat professionnel en 2014, Mour Paye quitte l’OL transféré gratuitement pour s’engager à ESTAC Troyes. Il signe un contrat de 3 ans. Le 9 mars, Alan Dzabana signe son 1er contrat pro avec l’OL.
Le 12 juillet, le FC Barcelone officialise le transfert de Samuel Umtiti en provenance de l’Olympique lyonnais, il a signé un contrat de 5 ans pour un montant de 25 millions d’euros. Les internationaux (Lopes, Jallet, Umtiti dépendra de leurs parcours avec leurs sélections respectives et Tousart est attendu au plus tard le 19 juillet). Au poste de gardien de but, Anthony Lopes est conservé titulaire jusqu’à la fin de la saison. A l’entame de la saison 2016/17, les hommes de Bruno Génésio évolue dans un 4-3-3 classique. Pour son premier match dans la compétition, Lyon se déplace sur le terrain des Girondins de Bordeaux. Lens – Lyon 1-1 A.P. Détails des matchs : Section détaillée : Qualification de Lyon face au Real Madrid. Après l’élimination en Coupe de la Ligue, le club s’incline par trois buts à zéro face à Lens, en championnat. Le 5 juillet, Louis Nganioni est prêté par l’OL à Brest sans option d’achat.
